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第二战场，日本整个国家的人力储备开始见底，土肥原贤二突然发现自己的人力调配开始捉襟见肘了。
而中方间谍机构敏锐地觉察到了玄洋社的窘迫，从1939年开始主动在上海跟以玄洋社为代表的日方间谍机构展开了惨烈的「暗杀战」，双方从枪战发展到当街互抡斧头，都付出了极为惨重的人员伤亡，大批的日本著名间谍都在这一时间段内被击毙或抓获。这场持续、惨烈、高伤亡、大规模的间谍战最终以日方主动退出而告终，这是自1894年中日甲午战争以来，日方在中日间谍战中第一次处于颓势，对中方情报机构而言，这是一个血色的黎明，而对玄洋社而言，这是一个血色的黄昏。
1945年1月，此时日本国内已经到了就连弱智跟残疾人都要被征召入伍的地步，为了避免自己的学生被已经完全丧失理智的日本军方强征入伍，土肥原贤二将刚进入间谍学校不足半年的玄洋社最后一批间谍紧急运往了上海。
这些大多数都是半大孩子的最后一批玄洋社间谍刚一进入「土肥原机关」的大堂，立刻就被眼前的情景所震惊了：
密密麻麻的牌位几乎占据了大堂3/4的空间，每个牌位上都挤挤挨挨地写着9个名字，他们一直视作精神领袖的首座土肥原
贤二满脸疲惫地侧坐在一旁，仿佛已经跟那些密密麻麻的牌位融为了一体。
「不要向我叩首，向那些牌位叩首吧，他们都是你们的前辈，都是真正的武士。」土肥原贤二无力地挥了挥手，制止了少年学员们的举动，「现在，追随着你们前辈的脚步，去干你们力所能及的事情吧！」
两个月后，玄洋社最后一批学员全军覆没于上海暗杀战的余波。
输掉了所有底牌的土肥原贤二就像一个被榨干的柠檬一样，被日本军方无情地放弃了。1945年4月，「土肥原机关」被撤销，他黯然离开了中国战场，奉调回国出任教育总监的闲职。
1945年8月14日，在日本政府宣布正式投降后，趁着美军尚未登陆，日本大本营国内的陆军部、海军部、陆军省、海军省等中枢机关都开始焚烧机密文件。而此时的玄洋社已经成了一个彻彻底底的空壳子，土肥原贤二连帮助他焚毁文件的人都找不到，最后还是央求当地的秘密警察部队完成了焚烧玄洋社机密文件的工作。而这些外行人根本就不懂得间谍情报的甄别，为求方便干脆浇上汽油彻底烧掉了玄洋社的所有档案库，焚烧机密文书的浓烟几乎笼罩了整个城市上空。
等到美军大规模登陆并开始接管城市时，玄洋社这个历经了60多年风雨的亚洲最大间谍组织不论从本体还是精神上，已经都不存在了。
1948年12月23日，玄洋社依然还存在于世的最后一人，亲手将玄洋社重新带上间谍战场、亲手将其推上巅峰，又亲手见证其毁灭的土肥原贤二在日本巢鸭监狱被执行绞刑，在绞刑架前，土肥