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跟他的「坂西公馆」，向他们学习特务思维跟间谍手段，同时听从坂西利八郎的建议，开始了长达两年的「田野调查」。为了检验「坂西公馆」所传授的间谍技巧是否有效和中国民间对日本间谍的防范程度，他的足迹遍布中国东北、华北、山东、山西等大半个北中国，经常孤身一人装扮成中国小商人的样子闯到中国军队的军事冲门口进行侦察，积累了大量的一手军事资料。
两年的实地调查结束后，土肥原贤二心中的疑惑不但没有解除，反而更大了：中国内地对日本间谍活动的警惕性跟预想的一样差，土肥原贤二一路横行无忌，畅通无阻，像娘子关的黄金标那样敢于直接驱赶他的人屈指可数，个别地方政府为了避免「中日矛盾」甚至还会主动派人配合土肥原贤二侦测地形、绘制地图之类的间谍活动。但令人诧异的是，在如此「优越」
的间谍条件下，日本军方配发各部队的军用地图却是谬误百出，跟土肥原贤二实地侦测到的情况差距极大。
这只能证明一点，就是日本军方的谍报准备工作是极其潦草且不负责任的！
但是，当土肥原贤二拿着自己的「调研报告」去跟同僚们交流时，却遭到了他们的一致嘲笑。这些陆大毕业的日军「精英分子」纷纷以中日甲午战争里「清国」军队的实际表现跟土肥原贤二举例，说明跟这样的军队作战，只需要一个「猪突冲锋」就可以彻底击溃对手，去侦察这样的对手纯属是在浪费时间。
当土肥原贤二反问那要是遇到更强的对手该怎么办时，这些日本军官的表情更加无所谓，领头的中佐像个欧洲人一样耸了耸肩：「我们是军人，不论前方是何种情况都只能努力冲锋，赢了『武运长久』，输了就『九段坂见』[1]，了解那么多有什么用？只会动摇你的意志力。」
最后，那位同样是陆大毕业的中佐甚至专门拍了拍土肥原贤二的肩膀，告诫他说：「你是陆大毕业的精英，是日本陆军的未来，不要跟坂西利八郎那些人走得太近，他们并不是你所看到的那样单纯，他们背后的组织……非常可恶，会毁了你的一生。」
但是这位师兄中佐的忠告反而让土肥原贤二彻底看清了自己要走的「道」：这些被从小灌输「武士道精神」的旧日本军官已经都被训练成了头脑简单的「刀」，他们除了执行命令之外已经失去了独立思考的能力。所以他的使命就是要为这些「刀」找到挥砍的方向，并最大可能地减少这些刀的无谓损耗。
1916年3月，在经过了长达3年的认真实践跟思考后，土肥原贤二正式向坂西利八郎提出了「拜入门下」的请求。但平时对土肥原贤二极为欣赏的坂西利八郎面对这一请求却表现得极为平静，懒懒地靠在躺椅上动都没动：「你们陆大毕业生里有句口号，叫作『十年人事』，就是说一个陆大毕业生只要不犯错，10年时间里肯定能升到大佐，再往上升就