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次袁世凯虽然勉强蒙混过关了，可随着光绪与慈禧之间冲突的逐渐加剧，他也不得不终止自己这种两面下注的行为了。
1898年9月4日，光绪下旨罢免反对变法的礼部官员。一周后，光绪宣袁世凯觐见，开始封官许愿。
袁世凯表示谢主隆恩。
荣禄则找到袁世凯表示你心里有点数啊，赶紧回去好好待着——什么？皇上找你你不方便请辞？那什么，英俄最近开战在即，你就说你得回去准备防务。
袁世凯表示下官谨遵教诲。
光绪再次召见袁世凯表示你甭听荣禄废话，以后你俩各管各的你听我指挥就好。
袁世凯表示愿为皇帝效死。
袁世凯十分清楚，光绪手里几乎无牌可打。但对慈禧与荣禄而言，他们手中的牌可就太多了——要知道，北洋三军中的其他两军可还牢牢地捏在荣禄手里呢，眼下这北京周边十万大军云集，你新建陆军再能打，也不过区区七千多人。
七千打十万，为了光绪皇帝冒这个险，值么？
袁世凯觉得可能不太值，所以还是不要冒这个险的比较好——然而他也不打算站到慈禧那边去：皇帝毕竟还是皇帝，万一以后东山再起呢？自己还要不要过日子了？所以最好的办法，就是在这次政变中保存实力，两边讨好。
然而天不遂人愿，戊戌政变最关键的时刻，谭嗣同带着光绪皇帝的密诏找到了袁世凯——我们现在需要袁爱卿你领兵进京，干掉荣禄，匡扶大清，你来不来？
袁世凯表示那我必须去啊！你等着，我回头领兵就去进京救驾！
谭嗣同开开心心地走了。然而一转头袁世凯就把他给卖了：我检举！我揭发！他们……他们要造反！
实在是没办法了，那边慈禧命令严查维新派，这边你让我领兵进京，这回无论如何都没办法继续装傻了。袁世凯在这种情况下终于做出了自己的选择，站到了光绪皇帝的对面。
戊戌变法彻底失败了，然而袁世凯却又一次升了官——慈禧表示袁爱卿政治立场坚定，在重大原则问题上旗帜鲜明，在大是大非面前头脑清醒，所以要重赏！这样吧，先给你的新建陆军增兵两千，然后你跟着荣禄一起好好干吧！
而此时的荣禄由于协助老佛爷镇压反清分子有功，已经是总揽大清朝政的超级权臣了。他充分地意识到了在政变过程中枪杆子所起到的重要作用，所以他果断决定，将什么甘军、新建陆军都整合起来，编成武卫军！将军权重新整合到中央手里！
袁世凯的新建陆军在这次改编中被编为了武卫右军，而甘军被编为了武卫后军、武毅军被编为武卫前军。武卫中军则是由八旗兵丁组成的「亲卫军」，由荣禄亲自统率，至于武卫左军，则是当年曾跟僧格林沁并肩战斗过的大清朝巴图鲁宋庆老爷子所率的「毅军」。
荣禄成立武卫军，本来是想逐渐收回军权，同时改革军制，把整个武卫军都改造成新建陆军一样的劲旅。然而除了袁